W 1997 roku ukończył Państwową Szkołę Muzyczną I stopnia w Pleszewie w klasie fortepianu Danuty Bąkowskiej. Następnie naukę muzyki kontynuował w Salezjańskim Liceum Muzycznym w Lutomiersku, którego absolwentem został w 2003 roku. Jest również absolwentem Akademii Muzycznej im. I. J. Paderewskiego w Poznaniu na Wydziale Instrumentalnym w klasie organów prof. dra hab. Sławomira Kamińskiego. Po ukończeniu studiów (dyplom z wyróżnieniem) w 2008 roku został zatrudniony w tejże uczelni na stanowisku asystenta. W 2011 roku ukończył studia w formule stażu artystycznego w Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w Warszawie w klasie organów prof. dr hab. Magdaleny Czajki.
W 2011 roku zdobył III miejsce oraz nagrodę specjalną za najlepsze wykonanie utworów J. S. Bacha w Międzynarodowym Konkursie Organowym im. M. K. Ciurlionisa w Wilnie. W 2008 roku zajął I miejsce na Ogólnopolskim Konkursie Wykonawstwa utworów organowych Dietricha Buxtehudego w Krakowie. W 2006 roku otrzymał wyróżnienie na Międzynarodowym Konkursie Organowym dla Młodych Organistów w Opavie. W tym samym roku został uhonorowany I nagrodą w Konkursie Polskiej Muzyki Organowej w Legnicy. W roku 2005 uczestniczył w III Międzynarodowym Konkursie Organowym im. Feliksa Nowowiejskiego, na którym zajął IV miejsce i otrzymał wyróżnienie oraz nagrodę ufundowaną przez Towarzystwo im. Feliksa Nowowiejskiego dla najmłodszego finalisty konkursu. W 2004 roku zdobył II nagrodę w Konkursie Muzyki Organowej na XVI Międzynarodowym Festiwalu Muzyki Religijnej im. Ks. Stanisława Ormińskiego w Rumi.
W 2007 roku Jakub Pankowiak uzyskał status studenta Programu Socrates/Erasmus podejmując studia w MusikhochschuleLubeck w Niemczech w klasie prof. Arvida Gasta. Stypendium zostało ukończone egzaminem z wynikiem celującym. W 2009 roku odbył staż pedagogiczny w Musikhochschule Lubeck w Niemczech w klasie prof. Arvida Gasta.W 2010 roku Jakub Pankowiak otrzymał stypendium artystyczne miasta Poznania za wybitne osiągnięcia w dziedzinie muzyki – organy.
Jakub Pankowiak koncertuje jako solista i akompaniator w Polsce, Niemczech, Holandii, Belgii i Luksemburgu, Izraelu. Występował w tak ważnych miejscach jak: Gewandhaus w Lipsku, Berliner Dom, Katedra Poznańska, Sanktuarium Bernardynów w Leżajsku, Filharmonia Narodowa w Warszawie.